2000年1月1日，某公司與昆明一村委會簽訂了為期40年，即至2040年12月31日的《土地租賃協議》。2009年，該租賃土地及建筑物的部分被依法征用、拆除。村委會在2000年的村改居、2004年區劃調整中變更為居委會第一、第二、第三、第四居民小組，公司則更名為甲公司。而除第四居民小組明確放棄涉案土地的實體權利及訴訟權利外，第一、第二、第三居民小組作為原告，請求五華區人民法院確認被告甲公司的《土地租賃協議》超過20年的租賃期限無效。

五華區人民法院在審理中查明，被告甲公司主張雙方簽訂的《土地租賃協議》名為土地租賃，實為土地承包經營，且協議中明確被告所承包的是四荒地。而對于農村四荒地的承包租賃期限，沒有法律規定不能超過20年。按照特別法優于一般法的適用原則，雙方約定的租賃期限為40年并不違反法律規定。

但《農村土地承包法》第五條規定：農村集體經濟組織成員有權依法承包由本集體經濟組織發包的農村土地。任何組織和個人不得剝奪和非法限制農村集體經濟組織成員承包土地的權利。第二十條規定：耕地的承包期為三十年。草地的承包期為30年至50年。林地的承包期為30年至70年。

五華區人民法院在審理中認為，上述承包期限適用于農村集體經濟組織成員承包本集體經濟組織發包的農村土地，屬于對特殊主體的特殊規定。甲公司作為依法設立的有限公司，不屬于農村集體經濟組織成員，其與原告簽訂的《土地租賃協議》不適用《農村土地承包法》，而應適用《合同法》的相關規范。而按照《合同法》第二百一十四條規定：租賃期限不得超過二十年。超過二十年的，超過部分無效。租賃期間屆滿，當事人可以續訂租賃合同，但約定的租賃期限自續訂之日起不得超過二十年。這意味著原、被告雙方簽訂的《土地租賃協議》自2020年1月1日至2040年12月31日期間的部分無效。

因此，五華區人民法院依據相關法律法規判決：確認原、被告雙方簽訂為期40年，即至2040年12月31日的《土地租賃協議》，超過20年，即2020年1月1日至2040年12月31日的租賃期限無效。

本案判決后，甲公司不服提起上訴。昆明市中級人民法院審理后判決：駁回上訴，維持原判。現判決已生效。