《指南》主要包括資金來源、適用范圍、主要支持內容、管理流程、項目入庫、項目立項、項目執行、項目驗收等部分。

《指南》的印發實施，將指導國家重要濕地（含國際重要濕地）圍繞濕地保護主要目標，根據濕地生態系統的結構和功能，以及候鳥等濕地野生動物的遷徙規律、分布范圍、生活習性等，在充分開展損失調查、市場調查的基礎上，合理確定補償范圍、測算補償標準、明確受償方的權利和義務，從項目入庫、項目立項、項目執行和項目驗收等4個環節著手，加強濕地生態保護補償項目全過程管理，規范實施補償項目，提高濕地及周邊社區群眾對濕地、候鳥保護的意識，提升濕地生態系統穩定性、持續性。

2014年以來，在中央財政資金的支持下，云南陸續在大山包、拉市海、納帕海、碧塔海等國際重要濕地開展了濕地生態保護補償項目。通過項目實施，禁牧、休耕土地達2.7萬畝，建設黑頸鶴食源基地3750畝，實施候鳥致損農地補償5萬畝，直接受益農戶達9388戶，提升了補償區濕地生態質量，促進了產業調整，增加了農戶收入，改善了社區環境，提高了公眾意識。