在生態保護方面，福州市濱海濕地生態研究中心和臺北市野鳥學會互換《福馬濕地生態保護合作共識書》文本，達成促進濕地生物多樣性保護、推進濕地生態保護與修復、推動濕地休養生息和完善生態產品價值實現機制、加強濕地保護公眾教育和宣傳、推進自然保護地體系建設等五點共識。

福州和馬祖隔海相望，從2008年共同營救中華鳳頭燕鷗“小管”開始，兩岸進行了長達16年的生態保護合作，先后開展了中華鳳頭燕鷗同步調查、中華鳳頭燕鷗保育交流研討、大陸與臺灣生物資源的相互關系研究、生態環境和生物多樣性保護等交流合作活動。

5月11日，國家林草局出臺《關于支持福建探索海峽兩岸林草融合發展新路的若干措施》，支持福州市創建國際濕地城市，加強閩臺濕地保護合作。福州市林業局負責人表示，今后將以中華鳳頭燕鷗及其生境保護為主線，持續推進中華鳳頭燕鷗種群監測與行為研究、生境保護與修復，共同探索建立海峽兩岸中華鳳頭燕鷗保育交流機制，不斷推進福馬兩地生物多樣性保護，共筑人與自然和諧共生的“同城生活圈”。 （黃海）